首先，報考的條件不一樣。企業管理碩士只要符合國家統一的報考規定即可，也就是說，應屆生與在職人員均可報考。報考MBA必須是大學本科畢業后有3年或3年以上工作經驗的人員;大專畢業后有5年或5年以上工作經驗的人員;已獲碩士學位或博士學位并有2年或2年以上工作經驗的人員(指畢業日到入學日)。

　　其次，考試科目不一樣。MBA入學考試要參加全國試點62所院校的聯考，聯考科目是政治、數學、英語、管理、語文與邏輯。

　　第三，試題難度不同。一般來說，報考企業管理碩士參加的全國統一入學考試英語、數學的難度要高于MBA，但由于近年來國內MBA報考人數直線上升，競爭也相應越來越激烈。

　　第四，培養方式不同。企業管理碩士生一般為國家培養，每個月有200元以上的補助，也有委托培養和自籌經費培養的學生，MBA一律為自籌經費或者單位委培。

　　第五，培養目標不同。MBA的培養目標是優秀的企業家和實踐工作人員，如清華大學經濟管理學院MBA畢業生應當能夠勝任工商企業和經濟管理部門中、高級職務的工作，是能夠適應未來社會激烈競爭的復合型人才。北大光華管理學院MBA項目面向跨國公司、大型國有企業、大型民營企業和大型金融機構。光華管理學院致力于幫助跨國公司管理隊伍本地化，民族企業管理國際化，民營企業管理現代化。所以MBA課程注重實用性。企業管理碩士既要培養企業的實際管理人員，同時注重對學員管理科學理論的教育，為學科的發展培養接班人。一般情況下，企業管理碩士畢業生理論功底扎實，MBA學員因為其入學前已經有相當的實踐經驗，同時學習過程中也注重與實踐的結合，能很快適應企業的實際工作。